1904 wurde nicht nur der Innenraum der Kirche komplett renoviert und das Kirchenschiff mit Kassettendecke, Empore, Bänken, Kanzel und Chorraum ausgemalt, auch die Orgel aus dem Jahr 1750 sollte durch eine neue Orgel ersetzt werden.

Mit Vertrag vom 21. März 1904 wurde Orgelbaumeister Friedrich Weigle aus Echterdingen bei Stuttgart mit der Lieferung einer neuen Orgel frei Bahnhof Igstadt für 5585 Mark beauftragt. Nicht inbegriffen in dem Preis waren der Anstrich des Gehäuses aus Tannenholz und die Vergoldung. Diese Arbeiten wurden von Josef Rauland, Ehrenbreitstein, für 280 Mark ausgeführt. Rauland hatte zuvor auch den Innenraum der Kirche ausgemalt.

Die amtliche Orgelabnahme erfolgte durch den Biebricher Organisten, Lehrer Reinhard Gräb. Sein Bericht schließt mit der Bemerkung: "Diese 13 klingenden Register, vorteilhaft auf zwei Manuale und Pedale verteilt, in ihrer Wirkung unterstützt durch eine Suboktavkoppel, 3 Manual- und Pedal-Koppeln, 4 pneumatische Kollektivknöpfe, einen Jalousie- und Registerschweller mit Anzeigetafeln, sind im Stande sowohl einzeln, als auch in mancherlei Mischung, die feierlichsten Stimmungen zu erzeugen und im 'vollen Werke' eine solche Majestät, Fülle und einen solchen Glanz hervorzubringen, daß man unter dem Zauber einer Orgel von 20 Registern zu stehen glaubt. Die neue Igstadter Orgel ist ein Meisterwerk! Höchste Anerkennung dem Orgelbauer! Aufrichtige Beglückwünschung der Kirchengemeinde zu diesem Werk, das stets die Herzen auf Flügeln der Andacht emportragen möge zur ewigen Quelle des Wahren, Guten, Schönen und der unendlichen Liebe.“

Am 17. Sonntag nach Trinitatis, es war am 25. September 1904, fand nach 12 Wochen zum ersten Mal wieder der Gottesdienst in der neu hergestellten Kirche statt.

In den Jahren 1985/86 und 2013/2014 wurde die Orgel restauriert mit der nicht unerheblichen finanziellen Beteiligung der Kirchengemeinde und der Unterstützung vieler spendenfreudiger Menschen. Bei Gottesdiensten und Konzerten erfreuen ihr Klang und die Schönheit des Instrumentes alle Besucher und Besucherinnen.